بالإضافة إلى كل تحديات الحرب وانتهاكاتها المتنوعة، خاضت مواطنة تحدي البناء المؤسسي لتكون قادرة على تحقيق رؤيتها وأهدافها وخطتها الاستراتيجية بحزمة متوازية ومتزامنة ومتسقة من العمليات والأنشطة، من خلال تصميم آليات عمل كفؤة ومؤثرة تتفاعل مع مختلف الآليات المحلية والإقليمية والدولية، رغم تعقيدات الوضع. لم يكن ممكنًا أن تحقق مواطنة أهدافها في المساهمة في كشف انتهاكات حقوق الإنسان والحد منها، والعمل على إنصاف الضحايا ومساءلة مرتكبي انتهاكات حقوق الإنسان، دون خوض تحدي البناء المؤسسي.
بقدر حرصها على إنجاز عمل حقوقي دقيق يحتكم لأفضل وأحدث الآليات والمعاييرالدولية، عملت مواطنة بالتوازي على تطوير هيكل مؤسسي يقوم على وحدات وإدارات ومستويات حوكمة تضمن الرقابة الداخلية والكفاءة والفاعلية والسلاسة والتكاملية والإتساق في مختلف جوانب العمل.